Narcyzy są piękną ozdobą ogrodu, jednak atakowane są przez kilka szkodników i chorób. W ich cebulach najczęściej żerują larwy pobzyga cebularza Lerodonequestris i larwy udnicy cebulkówki Eumerusstrigatus. W przypadku żerowania larwy pobzyga cebularza liście żółkną lub nie wyrastają z cebul na wiosnę. Wewnątrz cebul można odnaleźć białawe larwy długości ok. 18 mm. Z kolei larwy udnicy żerują w cebulach. W jednej cebuli można znaleźć 10-30 osobników tego gatunku.

W wyniku żerowania cebule brunatnieją i gniją. Ochrona roślin przed tym szkodnikiem polega na zaprawieniu cebul. Jedną z najgroźniejszych chorób narcyzów jest szara pleśń Botrytisnarcissicola, jej objawem jest brązowienie wierzchołków liści. W późniejszym okresie brązowe przebarwienia pojawiają się na kwiatach. W czasie przechowywania na cebulach widoczne są brunatne przebarwienia, a cebule zaczynają gnić. Gdy temperatura waha się w granicach 20ºC i jest wilgotno, na powierzchni plam pojawia się szary pylisty nalot.

Cebule przed sadzeniem powinny być zaprawione, a w późniejszych fazach rozwojowych rośliny należy opryskiwać. Kolejną groźną chorobą występującą na narcyzach jest fuzarioza Fusariumoxysporum. Objawia się żółknieniem liści, począwszy od wierzchołków. Nie rozwijają się pąki kwiatowe. W przypadku wytworzenia kwiatów są one wąskie i małe.

Cebule podczas przechowywania brunatnieją i mogą tworzyć się tzw. mumie (cebule zasychają). Często na podstawie piętki porażonych cebul pojawia się delikatny beżowy nalot, a wewnętrzne łuski są zbrunatniałe. Takich cebul nie powinno się wysadzać do gruntu. Aby uniknąć porażenia, cebule przed posadzeniem powinno się zaprawić, stosując odpowiednie środki chemiczne. Porażone rośliny usuwamy z grządek. Podczas przechowywania należy sortować cebule i usuwać te z objawami porażenia.