Na sałacie najczęściej można obserwować objawy zgnilizn powodowanych przez grzyby. Jedną z najgroźniejszych chorób sałaty jest szara pleśń Botrytis cinerea. Grzyb ten powoduje powstawanie brunatnych lub szarych plam na liściach. W warunkach dużej wilgotności powietrza na porażonych tkankach pojawia się szary nalot trzonków z zarodnikami.

Bardzo często szarej pleśni towarzyszy czarna zgnilizna u podstawy główek sałaty, powodowana przez grzyb Thanotophorus cucumeris. Patogen ten jest również odpowiedzialny za zamieranie siewek i rozsady sałaty. Czasami znaczne straty powoduje zgnilizna twardzikowa Sclerotinia sclerotiorium.

Pierwsze objawy tej choroby widoczne są najczęściej na szyjce korzeniowej. Mają postać mokrych, pokrytych białą grzybnią plam, które powiększają swoją powierzchnię. Liście więdną i gniją. W miarę upływu czasu w grzybni pojawiają się czarne gruzełki, tzw. sklerocja, które są przetrwalnikami grzyba. Źródłem infekcji są przetrwalniki zimujące w glebie oraz źle oczyszczony materiał siewny. Zapobieganie chorobie polega na siewie zaprawionych nasion oraz opryskiwaniu młodych roślin środkami ochrony roślin. Nie należy zwilżać liści podczas podlewania oraz dokładnie zbierać i niszczyć resztki roślinne.

Kolejną często występującą chorobą sałaty jest mączniak rzekomy sałaty Bremia lactucae. Na wierzchniej stronie liści pojawiają się oliwkowożółte, z czasem ciemniejące plamy. Na spodniej stronie podczas wysokiej wilgotności powietrza widoczny jest szarobiały nalot trzonków z zarodnikami. Porażone rośliny karłowacieją i żółkną. Liście zamierają odcinkami. W sprzyjających chorobie warunkach całe rośliny gniją w wyniku porażenia przez inne patogeny. Chorobie sprzyjają: temperatura około 17ºC, wysoka wilgotność powietrza i brak słońca.