Najczęściej występującymi chorobami grzybowymi wśród orlików są różnego rodzaju plamistości, które należy zwalczać za pomocą kilkukrotnych oprysków co 7-10 dni preparatami Bravo 500 SC lub Topsin M 70.

Inną chorobą nękającą tę bylinę jest mączniak prawdziwy. Przy niedużej liczbie roślin można ograniczyć się do usuwania liści, lecz przy większej ilości trzeba przeprowadzić 2-3 opryski co 10-14 dni, stosując przemiennie Amistar 250 SC lub Saprol 190 SC.