Najgroźniejsze choroby bakteryjne to: mokra zgnilizna – u nasady pędów powstają szkliste przebarwienia, które z czasem brązowieją, stają się wodniste i wydzielają nieprzyjemny zapach – oraz plamistość liści, gdy na liściach pojawiają się nieregularne, miękkie, szare plamy. Obydwie choroby zwalczamy, opryskując rośliny trzykrotnie w odstępie tygodnia Kuprometem lub Miedzianem.

Spośród chorób grzybowych storczyki najczęściej zapadają na fotoftorozę – dolna strona blaszki liściowej staje się jasnozielona, a na górnej pojawiają się brązowe lub czarne plamy. Porażone części roślin powinniśmy usunąć, a następnie podlewamy storczyki Fongaridem. Zapobiegawczo możemy również opryskać je kilka razy Aliette lub Galbenem. W razie wystąpienia szarej pleśni – objawem choroby są nieregularne brązowe plamy na liściach, pokryte czasami szarym nalotem – opryskujemy rośliny Sumilexem, Bravo, Topsinem lub Gwarantem. Po tygodniu zabieg powtarzamy.

Storczyki bywają też atakowane przez tarczniki, przędziorki i mszyce. Trzeba je zwalczać opryskami, stosując Decis lub Fastac.